萬級無菌室容積小而嚴密，使用一段時間后，室內溫度很高，故應設置通氣窗。通氣窗應設在內室進門處的頂棚上(即離工作臺zui遠的位置)，為雙層結構，外層為百葉窗，內層可用抽板式窗扇。通氣窗可在內室使用后、自凈前開啟，以流通空氣。有條件可安裝恒溫恒濕機。無菌室內設備和用具，無菌室內的工作臺，不論是什么材質、用途的，都要求表面光滑和臺面水平。在內室和外室各安裝一個紫外燈(多為30W)。內室的紫外線燈應安裝在經常工作的座位正上方，離地面2m，外室的紫外線燈可安裝在外室。
萬級無菌室有足夠的存儲空間擺放物品以方便使用。在實驗室工作區域處還有供使用的存儲空間。在實驗室的工作區域處應有存放個人衣物的條件。在實驗室所有的建筑內配備高壓蒸汽自凈器，并按期檢查和驗證，以保證符合要求。在實驗室內配備生物安全柜。設洗眼設施，必要時應有應急噴淋裝置。考慮機械通風，如使用窗戶自然通風，有防蟲紗窗。有可靠的電力供應和應急照明。必要時，重要設備如培養箱、生物安全柜、冰箱等應設備用電源。實驗室出口有在黑暗是可明確辨認的標識。
萬級無菌室應有內、外兩間，內間是無菌室，外間是緩沖室。房間容積不宜過大，以便于空氣自凈。內間面積2 ×2.5＝5m2，外間面積1 × 2＝2m2，高以2.5m以下為宜，都應有天花板。內間應當設拉門，以減少空氣的波動，門應設在離工作臺zui遠的位置上，外間的門也用拉門，要設在距內間zui遠的位置上。在分隔內間與外間的墻壁或 "隔扇 "上，應開一個小窗，作接種過程中必要的內外傳遞物品的通道，以減少人員進出內間的次數，降低污染程度。小窗寬60cm、高40cm、厚30cm，內外都掛對拉的窗扇。
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